Miss Peregrine et les enfants particuliers font tout pour ne pas se faire remarquer car ils peuvent désormais vivre hors des boucles temporelles sans risquer de vieillir en accéléré. Après avoir découvert un bunker secret chez le grand-père de Jacob, en Floride, les enfants se lancent dans une opération de sauvetage de particuliers isolés, notamment Noor, une jeune fille aux étranges pouvoirs.