Jacob, fils unique, est destiné à reprendre la pharmacie familiale. Son grand-père lui raconte des histoires sur un orphelinat mystérieux dirigé par Miss Peregrine et des enfants aux capacités surnaturelles censées les protéger des monstres. Personne ne le croit. Un jour, Jacob trouve son grand-père mort et aperçoit l'assassin, une créature avec des griffes et des tentacules plein la bouche.