Angleterre, 1725. Le capitaine Edward Kenway embarque dans une nouvelle quête pour trouver des fragments d'Eden sur les côtes des mers d'Asie du Sud-Est, où il fait face à de mystérieux templiers. A l'époque contemporaine, Noa Kim, un Américain d'origine coréenne et descendant d'Edward Kenway, enquête sur le passé de son ancêtre.