Japon, 1862. Tandis que décline le pouvoir du Shogun, des samouraïs fanatiques refusent l'ouverture de leurs frontières pour empêcher la conclusion de traités avec les gai-jin, les étrangers honnis. Lorsqu'ils s'en prennent à Malcolm, petit-fils de Dirk Struan, ces dissidents plongent le pays dans le chaos. Yoshi devine que l'avenir du pays va se jouer entre tradition et modernité.